Бенедикт родился около 480 г. в семье знатного римлянина из Нурсии (Италия). Юношей он был отправлен в Рим на учёбу, но не закончив обучение, покинул город вместе с группой благочестивых людей, сбежав от столичной суеты, и поселился в Аффиде (совр. Аффиле), местечке в горах, расположенном неподалеку от Субиако. Известно, что в это время ему было около 20 лет, и что его сестра-близнец Схоластика к тому времени уже посвятила себя Богу.
По прошествии некоторого времени Бенедикт понял, что хочет стать отшельником. Случайная встреча с монахом Романом из монастыря, расположенного рядом с Субиако, помогла ему. Монах показал Бенедикту пещеру возле искусственного озера на реке Анио и согласился приносить отшельнику еду. За три года, которые Бенедикт прожил в пещере, он закалился и физически и духовно. Слава его росла, люди начали совершать паломничества к пещере, чтобы посмотреть на отшельника; а монахи из Виковаро, одного из окрестных монастырей, после смерти настоятеля уговорили Бенедикта возглавить их общину. Ничего хорошего из этого не вышло, так как у Бенедикта были слишком строгие представления о монашеской жизни, не понравившиеся общине. В результате он вынужден был покинуть монастырь и вернуться в пещеру после того, как его чуть не отравили.
Постепенно у Бенедикта сложились представления о том, как должна быть устроена монашеская жизнь. Он разделил своих учеников, число которых к тому времени сильно выросло, на 12 групп, каждая из которых подчинялась своему настоятелю, а за Бенедиктом оставалось право общего надзора.
Около 530 г. зависть и интриги местных монахов и клира вынудили Бенедикта переселиться на юг, на гору Кассино, где им был основан знаменитый монастырь Монте-Кассино. Существовавшее на горе языческое святилище Бенедикт превратил в христианский храм, местных жителей обратил в христианство. Скоро слава монастыря разлетелась по всему краю, число братьев в общине резко выросло.
По преданию, Бенедикт молитвой воскресил сына крестьянина из соседней деревни, который принёс умершего мальчика к монастырю.
Именно для общины Монте-Кассино, которая положила начало ордену, впоследствии названному Орден Бенедиктинцев, Бенедикт ок. 540 г. составил свой знаменитый Устав, который стал фундаментом всего западного монашества.
Умер Святой Бенедикт в 547 г. в Монте-Кассино.
В 1964 Папа Павел VI провозгласил Святого Бенедикта покровителем Европы. День памяти в Католической Церкви — 11 июля.