Великолепный инструмент чешской фирмы «Ригер Клосс» (32 регистра и 2604 труб) вместе с акустикой и атмосферой Храма создает неповторимые ощущения участия в вечном.

В 1989 году по проекту архитектора А.Граужиса в здании Храма была проведена реставрация,  установлен орган и открыт органный зал.

В феврале 1993 года, после передачи Храма верующим, отцы-Доминиканцы выкупили орган у местной власти.

Большую работу по настройке органа и устранению неполадок провел ялтинский мастер-органист Хромченко В.А., который стал первым органистом ялтинского костела.

Орган используется  как  во время Богослужений, так и в концертных программах. Жители и гости Ялты получают эстетическое наслаждение, посещая Храм и концерты органной музыки.

Часто вспоминается сказанное в день освящения Храма Епископом Яном Ольшанским: «Имея такой чудесный Храм, мы должны заботиться о красоте Храмов наших душ».